新型软件结合基因活动和组织定位来解码疾病机制
在疾病研究中,了解基因表达以及在组织中表达的位置非常重要,但将两组信息结合起来可能具有挑战性。
“单细胞技术,尤其是新兴的空间转录组学领域,可以帮助科学家了解组织中基因开启或关闭的位置。它将基因活动信息与疾病组织内的确切位置结合起来,”科罗拉多大学医学院生物医学信息学系医学助理教授张帆博士解释说。
她继续说道:“这非常有价值,因为它让医生和研究人员不仅能看到哪些基因是活跃的,还能看到它们在哪里活跃,这可以为了解不同细胞在疾病条件下的行为和相互作用提供关键见解。”
到目前为止,有效地结合位置和遗传信息一直是研究人员面临的一大难题。
张和她的实验室开发了一种新的计算机器学习方法,称为空间转录组多视图,简称“STew”,该方法能够以可扩展的方式联合分析空间变异和基因表达变化,并能处理大量细胞。这项研究发表在《生物信息学进展》杂志上。
这项新技术可能有助于研究人员更多地了解许多不同疾病背后的空间生物学,并为他们提供更好的治疗方法。
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