在当前的社会背景下，农民工群体作为城市建设的重要力量，其合法权益得到了越来越多的关注和重视。为了进一步规范农民工工资支付行为，保障农民工的合法权益，维护社会和谐稳定，制定科学合理的农民工工资管理制度显得尤为重要。

一、明确责任主体

首先，需要明确建设单位、施工企业以及分包企业的责任分工。建设单位应当按照合同约定及时拨付工程款，并确保工程款中的人工费用部分专款专用；施工企业则需建立健全农民工工资支付制度，设立专门账户用于存储农民工工资保证金，并定期向主管部门报告工资发放情况；分包企业则必须严格遵守劳动法相关规定，按时足额支付农民工工资。

二、完善支付流程

其次，在支付流程方面，可以采用银行代发工资的方式，通过设立农民工工资专用账户来实现工资直接发放至个人银行卡内。这样不仅可以有效避免中间环节可能出现的资金挪用问题，还能提高工资发放效率，减少争议纠纷的发生几率。

三、加强监督检查

此外，政府相关部门还应加大对农民工工资支付情况的监督力度，建立完善的举报投诉机制，鼓励社会各界积极参与到维护农民工权益的工作当中来。同时，对于存在拖欠或克扣农民工工资行为的企业和个人，要依法依规予以严惩，形成强有力的震慑作用。

四、提供法律援助

最后，考虑到部分农民工可能因缺乏法律知识而无法有效维护自身权益的情况，建议各级工会组织及公益机构为他们提供更多形式多样的法律咨询服务和支持服务，帮助他们更好地了解自己的权利义务，学会运用法律武器保护自己。

综上所述，只有通过多方共同努力才能真正建立起一套行之有效的农民工工资管理制度，从而让每一位辛勤付出的劳动者都能够安心工作、快乐生活！